Perenye a Kőszeg-hegyalja középső-déli részén, peremén található. Szombathelytől Északra, az országhatár és a 87-es főút között fekszik. Egy rövid bekötőút segítségével csatlakozik a két várost, Kőszeget és Szombathelyt összekötő közlekedési folyosóhoz. Előbbi város távolsága 14 km, a megyeszékhelyé mindössze 9. A táj képe enyhén hullámos, elegyengetett síkság. A pannon korú üledékek nem rejtenek gazdaságilag számottevő, kitermelhető ásványkincseket, nyersanyagokat, gazdaságilag sokkal jelentősebb tényező Szombathely közelsége. A község környéke mérsékelten hűvös, mérsékelten nedves éghajlatú, 9 °C körüli évi átlagos hőmérséklettel, 700 mm körüli csapadékkal. A falu területén átfolyó patakok a Gyöngyösbe és a Perintbe szállítják a jelentős csapadék miatt felhalmozódó felesleges vizeket. A szántóföldi művelés alatt álló talajok eredetileg agyagbemosódásos barna erdőtalajok voltak, melyek szerkezete a művelés következtében átalakulóban van.